智力發(fā)育障礙的病因廣泛而復(fù)雜，多數(shù)還無法明確病因。可能有以下幾種病因：
一，遺傳及先天因素，染色體異常，常染色體和性染色體的單體型，三體型，多位體等染色體數(shù)目異常。比如21-三體綜合癥，也就是唐氏綜合癥或者是先天愚型。
二，基因異常，DNA分子結(jié)構(gòu)異常使機體代謝所需的酶的活性不足或者是缺乏，導(dǎo)致遺傳代謝性疾病，并伴有智力發(fā)育障礙。比如苯丙酮尿癥，半乳糖血癥等等。
三，是先天性顱腦畸形，比如家族性小腦畸形，先天性腦積水，圍產(chǎn)期有害因素，包括感染，病毒、細(xì)菌、螺旋體、寄生蟲感染。
四，藥物，母親使用某些藥物，特別是作用于中樞神經(jīng)系統(tǒng)，內(nèi)分泌代謝系統(tǒng)的藥物。
五，毒物，比如鉛、汞，放射線和電磁波，妊娠疾病和并發(fā)癥，比如先兆子癇，多胎妊娠等等。
六，出生后不良因素，一是新生兒疾病，未成熟兒，低出生體重兒，母嬰血型不合所致和黃疸，新生兒肝炎，新生兒敗血癥等等。
七，兒童期疾病，腦炎，腦膜炎等中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染，顱內(nèi)出血，顱腦外傷，腦缺氧等等。
八，環(huán)境因素，缺乏受教育機會，與社會隔離等因素使兒童得不到新知識，缺乏人際交往機會，影響智力發(fā)育。
