肛瘺的治療方法有堵塞法：1%的甲硝銼，生理鹽水沖洗瘺管后，用生物蛋白膠自外口注入，該法無創(chuàng)傷，無痛苦，對單純性肛瘺可以采用，另外有手術治療，原則是將瘺管切開，形成敞開的創(chuàng)面，促使愈合，手術方式很多，手術應根據(jù)內(nèi)口位置的高低，瘺管與肛門括約肌的關系來選擇，手術關鍵是盡量減少肛門括約肌的損傷，防止肛門失禁，同時避免漏的復發(fā)。
一、瘺管切開術，是將瘺管全部切開開放，靠肉芽組織生長，使傷口愈合的方法，適用于低位肛瘺。
二、掛線療法，是利用橡皮筋或有腐蝕作用的藥線在機械壓迫作用緩慢切開肛瘺的方法，使用于距肛門3到5厘米內(nèi)，有內(nèi)外口低位或高位單純性肛瘺或作為復雜性肛瘺切開，切除的輔助治療，它的最大優(yōu)點是不會造成肛門失禁，此法還具有操作簡單，出血少，不用換藥，在橡皮筋脫落前不會發(fā)生皮膚切口愈合等優(yōu)點。
三、肛瘺切除術，切開瘺管，并將瘺管壁全部切除至健康組織，創(chuàng)面不予縫合，若創(chuàng)面較大，可部分縫合，部分敞開，填入油砂布，使創(chuàng)面由底向外生長至愈合，適用于低位單純性肛瘺。
